回答ありがとうございます。
情報を追記致します。

・マザーボード型番：
　AIMB-548（アドバンテック製）

・使い方：
　インターネットには繋がっていない環境です。
　毎日朝9時頃通電し、夜22時くらいに電源を落とします。
　通電中は、自作の1つのアプリケーションが稼働しており、それを稼働させる以外の使い方はしません。
　そのアプリケーション自体は、OSの時刻を変更する機能を有してはいます。
　（機能を有してはいますが、それが目的のアプリではありません）
　そのため、そのアプリのバグである可能性は真っ先に疑い、確認しておりますが、現状バグの存在は発覚しておりません。
　そこで、OS側にそのような事例は無いだろうかと考えた次第です。

現象発生時、BIOSの時刻も変わったかどうかに関しては、現状分かっておりません。
現象発生後、OS上でのみ都度修正しておりました。
次回発生した際はその点確認致します。

yaneno-suzume による投稿:

リアルタイムクロックがだんだん遅れていくのは、バックアップ用ボタン電池の寿命という場合があります。
はずしていましたらすみません。そういう経験があるものですから。

回答ありがとうございます。
電池の寿命でだんだん遅れるという経験は無かったため、非常に参考になります。
ただ、今回の環境のマザーボードは購入してから1年経過しておらず、
かつ複数の同じシステムで現象が発生していると思われるので、
今回のケースは電池の寿命では無いと思われます。
記載した情報が不足しており、申し訳ありませんでした。