どうやら、自己解決しましたが、もしかしたら、iPodのような製品の話は、このフォーラムではタブーなのでしょうか？
　問題があるようでしたら、削除してください。

gmaxさんと同意見です。

単にiPodの利用者が少ないか、iPodの管理を別のマシンでやっているという人が多いのだと思います（わたしも後者に該当します）。是非、何をなさったのかご投稿ください。

本日、同じような状況にあって、書籍を参考にして解決したものです。
一応、自分のケースを残しておきます。
参考にしたのは『Linux100%』というムックです。
この書籍は他の話題の中でも出てきたと思いますが、
Ubuntu初心者には役立つ情報が載っています。

端末上で、
sudo apt-get install libdvdread3
sudo /usr/share/doc/libdvdread3/install-css.sh
を入力。

この作業の後、「アプリケーションの追加と削除」から以下のファイルをインストールします。
・Gstreamer extra plugins
・Gstreamer ffmpeg video plugin
・Xine extra plugins

右上の「表示」を「全ての利用可能なアプリケーション」にしないと上の項目は出てこないので注意してください。
（というか、私はそのことに気づかず、本に文句を垂れながらSynapticから似たような名前のパッケージを探して引っ張ってきました）
以上で、Amarokから音楽の再生ができるようになりました。


もっとも、私の場合iTMSで購入したm4pファイルの再生はできません。
著作権保護機能がかかったファイルであるため、再生できないものと考えているのですが。
ひとまず上の作業によって、CDからiPodにいれた分については再生可能になったので、ここに残しておきます。
試してはいませんが、先日はじまったiTunes Plusのサービスを利用してDRMフリーにすれば、
購入分も再生できるようになるのではないかと思います。

検索すればm4pファイルをmp3に変換する方法が色々と出てくるのですが、
微妙で灰色な問題でもあるので、自分では試していませんし、紹介することも控えます。

kobanzameさまのケースがまた別のものであれば、参考にさせていただきます。

わたしも試行錯誤中なんですが　やはり「Linux100%」を持ってまして　gtkpod Amarok Rhythmboxと試しまして　とりあえずRhythmboxで転送に成功しました　曲名を選んだら認識しているipodにドラッグアンドドロップするだけです　ipodも自動で認識してくれます　gtkpodはipodの管理的な機能がありそうなんですが　どこにライブラリがあって　どうやって転送するのかがわからず　ヘルプもlaunchpadにいってしまうのでちょっとやめてます　でもipodの初期化とか(リセットは本体でもできますが）ituneが使えない環境にあるひとには必要なのかなと
Amarokは機能がすごいとかいてありますが　日本語化するのに　sudo apt-get install kde -i18n-jaとコマンドを打つ必要があります　先のひとがかいたように　べつのコーディックを入れる必要があり
わたしは　ipodをデバイスヘ追加すると言う作業を「Linux100%」にしたがっておこないましたが
曲を転送する作業で　デバイスをマウントできませんとなってしまい　これも停止中です　KDEのデスクトップとかいれないとヘルプとかは見れないんでしょうか？　以上報告します　：rooleyes

aokageさんのiPodで起きている現象がどのようなものか分かりませんが、2007年秋モデルの新しいiPodは、まだ正式には? Ubuntuでは扱えないそうなので、それが原因かも知れません。

自分の場合は下記のページに書いてある方法で、ipod-nano(3rd)にMP3ファイルを登録して再生できるようになりました：

http://lilserenity.wordpress.com/2007/12/22/virgin-mobile-praise-ubuntu-and-ipod-nano-3g/

上記ページ内の「Ubuntu / Debian Linux in general」という見出しの後に手順が書いてあります。
ただし：
(a) 2項では、二つの .deb ファイルを記載の順番でインストールするように書いてありますが、実際には逆順じゃないとインストールできません。
(b) 9項では、RhythmBoxが自動的に曲を再生し始めると書いてありますが、自分は買ってきたばかりの ipod-nano だったので、そうなりませんでした。
    gtkpodを起動してみたところ、ディレクトリ構造（だったような。うろ覚え）を自動的に作成してくれて、以降はRhythmBoxでMP3ファイルを登録できました。
(c) 自分の場合はメディアの自動認識をoffにしていたため、上記手順を行う前に設定を変更してiPodを自動認識できるようにする必要がありました：
「システム」→「設定」→「リムーバブル・ドライブとメディアの設定」画面で、
　　「ストレージ」タブの「ドライブがホット・プラグされたらマウントする」と「メディアが挿入されたらマウントする」を有効にして、
　　「マルチメディア」タブの「接続したら楽曲ファイルを演奏する」を有効にしてコマンドに「rhythmbox」を指定しました。