あ〜、全然解答になってないですけど。その〜、linuxhaはウィルスが少ないとか
無いとかはウィルスがではなく「ウィルスを作る人が」かも、、、

[linux]
オープンソースでコードが見える(全てではない)
使用者がそれなりのスキルを持っている

[Windows]
コードが判らない
使用者は疑う事を知らない
-----------------------------------------
[結果]
初級者が作った悪意の有るソフトがWinではまかり通るが
linuxでは多分「お前のソース見してみろ」「コラ、何しとんねん」と
言われるのがオチ。

[アンチウィルスソフト]
新ウィルスを検知するのではなく発見されたウィルスのみに対応している(当たり前か)
すなわち新しく作られたウィルスにはどんなソフトも対応できない。

（新しくウィルスを作る輩はターゲットをどうするか？
Windowsでありそのソフトが自作ソフト（ウィルス）が一番効果を発揮してくれるはず）

良いアンチウィルスソフトはいち早くその存在を察知して対策し即座に
アナウンスとアップデートを行い、既存のウィルスから出てくるであろう亜種に予測を行えるメーカー

今後の方向としては「LinuxがWindowsに変わるOS」として普及するのが早ければ早いほど

（
新しくウィルスを作る輩はターゲットをどうするか？
Windowsでありそのソフトが自作ソフト（ウィルス）が一番効果を発揮してくれるはず）

がlinuxに移行する可能性とそれがステータスと感じる変人が出る可能性も。

ただ個人使用のPCで過敏になる必要は無いかも、不特定多数を狙うソフトはデフォルトのディレクトリとファイル名を決め打ちで狙ってくるだけで自己防衛で大丈夫です。

自己防衛（例）
　　リポジトリの追加を不用意にしない。（フォーラムで野良リポジトリとか言われている物）
　　何でもかんでも入れない、弄らない、やってみない。
　　パスワードを無効にしない、面倒くさがらない。
　　その他「Winチック」な事。

でもそれが楽しいんですよね！あんなことが出来る。ではやってみようみたいな。。。そこからウィルスの入ってくる可能性が。

すみません、グダグダと私の妄想を書いてしまいました。

すもません。
セキュリティ会社にも、知らずに読んだ人にもチョッと問題発言だったかも。
ヒューリスティックスキャンをググって見ました。

なるほど数年前にスキャンに引っかかるファイルが頻発していたのはそれが原因だったのかも。
現在落ち着いているということは精度が上がったのか大手やメジャーなファイルはスルーする様にしたのか？

それは謎のままの方がセキュリティ上良いですよね
。
kaznonさんへ、軽く読み流して下さい（＃３）他にもツッコミ所が満載かも、、、すみません

ちょっと違う目線から一つ。

hir0さんの仰られる「LinuxがWindowsに変わるOSとして普及すると…」で最近気になってしょうがないのが、googleの動向ですかね。
Linuxを使った「Android」や「Chrome OS」が成功したなら、当然Linuxも危険な状況にさらされるわけで…。（ウィルスがまかり通るのか、というのはありますが…）

しかし、もっと厄介そうなのが「Native Client」でしょうかね。
これは「Webアプリをx86ネイティブコードで動かしてしまおう（意味間違っているかもしれません）」とかいうもので、（Native Clientその物ではなく）この様な技術が当たり前になってくると、「Linuxだ、Windowsだ」というのは意味をなさなくなってしまいます。
というのは、例えば、クライアントコンピューターにカーネルとWebアクセスとインターフェイスのみが備わり、他のシステムやアプリなどはサーバーから（簡単に言ってしまえば複数のサーバーを介したシンクライアント、「Cloud OS」とでも言うべきなんでしょうかね）、なんてことにでもなればOSの差異なんて関係なくなってしまいますからね。（Chrome OSの目指しているのはここかな？）

なので、自分は必要性云々というのは、イコール「googleの動向」と見ています。
まぁ、現状はhmatsueさんの挙げられた対策で十分かと。