RME DIGI96/PSTあたりの中古は条件を満たさないでしょうか（音質や挙動が観賞用としては微妙かなというのと、中古がイヤ？　というあたりを気にしています）。

また、オンボードの「音が悪い」というのはどのあたりの悪さでしょう。S/PDIFの周波数設定周りがおかしいだとか、ソフトウェアレベルで対策することで対処できる気が若干します。

あとはUSBオーディオになるかとは思うのですが、AMD系サウスブリッジのUSBはいろいろと問題に遭遇する可能性があるのでちょっとお勧めするのは躊躇してしまう感じです。

なるほど。ありがとうございます。

以下の情報に従ってX-Fi Extreme Audio(PCIですよね)のドライバを導入してやると、それほど厄介ではない（aptと大差ない）レベルで動くのかなぁと思えるのですが、
http://ubuntuforums.org/showthread.php?p=7446940
これは避けたい感じでしょうか。

個人的な経験からは、GigabyteのマザーボードかつAMDのSB700のUSBでUSBオーディオ、という話になると、若干「ハズレ」（数分に一度、プチノイズが載る）を引く可能性があるように思います。他の理由からUSBオーディオを使いたいということですので、USB2.0カードを追加するつもりもある、というのであれば「アリ」です。

現状としては3択で、
　・オンボードのS/PDIFが有効になるように、alsamixerなどの設定を変えてみる
　・X-Fiを動かしてみる
　・USB2.0カード確保も考慮に入れてUSBオーディオ
となるかと思うのですが、少し悩んでみて頂いてもいいでしょうか。

極端な安物でなければ性能に大差はないと思います。アナログ回りやマルチチャネル出力・DAWなどが絡んでくると話は変わってきますが、動くものならほとんど同じではないでしょうか。

音質には相応の差が出てこないとも言えませんが、デジタル出力を前提に考える場合、あまり変わらないでしょう。
えぐい表現では「しょせんUSBを基底クロックにする以上、S/PDIFのジッタからは逃れられない」からです。もちろん内部にミキサや音質変化機構を持っていたりすると、そのミキサのサンプリングレートや音質変化機構の特性がモロに出てきますが、マザーボードオンボードのデジタルより悪化することは少ないかな、と思います。

ただ、今から入手するのであれば、「USB2.0対応」と書かれているものの方がよいと思います。USB1.1なオーディオ製品は、今後のマザーボード更新を考えると、余計な相性問題を引く可能性が出てきます（USB2.0オーディオが増えてきたので、マザーボードベンダがUSB1.1のオーディオをまじめに検証しなくなる・できなくなる可能性があるので）。