FFmpegに特化した情報で無くてすみません。
全体的に最新版はパッケージができるまではソースからのコンパイルですが動作保障は無く未知の不具合もサポート外の自己責任です。

Synapticパッケージマネージャーやapt-get dpkg はパッケージ管理の為の仕組みなので削除やアップグレードもワンタッチ。　SynapticパッケージマネージャーはコマンドラインのGUIフロントエンドなので端末操作との違いは意識しなくてもOKです。　Linuxディストリビュージョンに合わせたパッケージを配布した段階である程度（もしくは、かなり）の検証やサポートも行われているはずです（リポジトリを追加した場合は別）

2010年の情報は分からないですがUbuntu自体のサポート期間を指しているのかも。
サポート終了後はリポジトリも使え無くなるのでネット経由のパッケージの取得や変更は基本的には無理ですがUbuntu自体をアップグレードすれば問題は無いです。
ただOSがアップグレードするとソフトが対応外で削除される場合もあります。

ユーザー側で各種対応ができるのであれば配布元からの最新版を、そうでなければUbuntuのパッケージから。
そして実際の環境で最新版の機能や改善を必要とする場面は皆無（マニアックな世界？）なのでパッケージ管理ツール（CUI、GUI）からの導入が安全で良いかも。

oosamuuyさん による投稿:

FFMpegはあまりにもデータ量の多い動画ファイルをFLV（フラッシュ画像）に変換したり、よく使用する.avi .wmv .mov .flv .divxなどのフォーマットの変換などに利用したいと考えています。ごく標準的な使い方ができればよいと考えているので、私自身ゴリゴリのハードユーザーではないのでできればapt-getなどで簡単にインストールできれば…と思っています。

　とりあえずは Medibuntu のリポジトリにある ffmpeg をインストールしてみて、どのコーデックが有功になっているのかを "ffmpeg -format" で確認することが第一選択肢でしょうか。
　コーデックが不足するようなら Wiki を参照して自力ビルドが次の選択肢になるかと。

>>hir0さん
貴重な情報ありがとうございます。FFMpegとは関係なくともとても参考になりました。たぶんFFMpegのサポートの期日というのはUbuntu自体のサポートと同じで、パッケージマネージャを含めたOS自体のサポートということみたいです。Synapticパッケージマネージャーはつまるところ、コマンドでapt-getでインストールしたりアップデートしたりするのと同じなんですね。知りませんでした。FFMpegの中身に関しては僕もまったくわからないのではやりUbuntuの便利な機能に頼った方がいいかな…と考えている次第です。

>>avidyaさん
様々な情報ありがとうございます。まさに僕が知りたかった情報です！Medibuntuなるリポジトリの存在もはじめて知りました。フルビルドは半ば諦めかけている次第ですが、UbuntuリポジトリかMedibuntuリポジトリかでかなり迷っています。コーデックが多いというのは魅力的ですし、逆にUbuntuリポジトリの簡単設定…もかなり助かります。。。どうしましょ？（笑）

>>とりあえずは Medibuntu のリポジトリにある ffmpeg をインストールしてみて、どのコーデックが有功になっているのかを "ffmpeg -format" で確認することが第一選択肢でしょうか。

正にこの選択肢が一番かな…と考えています。
ちょっといろいろやってみて、事後報告致します！いろいろありがとうございます！

なるほど、いろいろあるんですね。。
友人から、FFmpegで作る動画共有サイトという本を借りて読んでいます。2008年2月初版の本なので一年以上も前の本です。
YoutubeやUniversal Music社などもFFMpegを使用しているようです。僕も訴訟リスクのことは全くわかりませんが、いろいろと使用している間に学びたいと思っています。
情報提供ありがとうございます。