共有フォルダの文字化けでしたね。
端末から

gksu gedit /etc/samba/smb.cof

として、パスワードを入力。出てきた画面の33行目以下の[global]配下に

dos charset = CP932
unix charset = eucJP-ms
display charset = CP932

を書き入れて

sudo /etc/init.d/samba restart

としてください。
念のために、98マシンとUbuntuマシンの双方を再起動させてみるとどうなりますか？

# 98ってCP932で良かったかな？

状況がよく見えないのですが、WindowsPCと呼んでいるものと、ubuntuシステムは別物でしょうか。
別物であれば、どのようにubuntuシステムから、WindowsPCのFAT領域を参照していますでしょうか。
同じものであればデュアルブートでしょうか。LiveCDでしょうか。
デュアルブートやLiveCDからの場合、mount時にcodepageを指定しなくてはいけません。

dos charset = CP932
unix charset = UTF8
display charset = UTF8

この設定で、ファイル・マネージャを使って、文字化けなくマウントも出来ました。如何でしょうか。
参考：unix charset

詳しくないので、次の手がありません。すみません。

# 私ならHDDを取り出してUSBとかで直接接続します。