100万個のファイルの合計が10GBですか？ 10GBが100万個じゃないですよね。
とりあえずGUIからコピーするのではなく、CPコマンドでコピーしてみてください。
それとシステムモニタではなく top から観察してみてください。
いろいろな要素が絡んでいるんで答えにくいんですが、しばらくは観察ですかねえ。

いろいろとアドバイスありがとうございます。
やはり、現状は問題を抱えているようですね。

ちなみに、我が家のLAN環境が1000Mなので、今回の問題とは関係なく、これだけ100Mと言うのも、、どうかなと思い。
PCIに1000Mのカードをさし見ました。
すると、メモリーのリソースの食いかたが、他しよう緩和されたようです。

システム管理>>ディスク・ユーティリティを調べたところ、

Reallocated Sectors Count　で　46個のバッドセクターが有ると言っています。
総合診断ではgoodになっているし、ネットでいろいろ調べたのですが、46個と言う数が、致命的かどうかよく分かりません。
一応新品のHDDなのですが。

それから、メモリーのリソースと言うのは、使用中のアプリケーションを閉じたら、減っていくのかと思っていたのですが、減らない状態は正常なのでしょうか。


アドバイス頂いた内容ですが、

CPコマンドでコピーは、まだ行っていませんが試してみます。
cpuと、HDDの温度はどちらも、37～40度くらいです。
メモリーチェックはまだ行っていません。
topコマンドの表示羽は、次のようになっています



top - 11:27:11 up  6:35,  2 users,  load average: 0.31, 0.39, 0.37
Tasks: 198 total,   2 running, 196 sleeping,   0 stopped,   0 zombie
Cpu(s): 17.7%us,  1.7%sy,  0.0%ni, 80.6%id,  0.0%wa,  0.0%hi,  0.0%si,  0.0%st
Mem:   2052480k total,  1921636k used,   130844k free,    40020k buffers
Swap:  6008268k total,    82456k used,  5925812k free,   283240k cached

  PID USER      PR  NI  VIRT  RES  SHR S %CPU %MEM    TIME+  COMMAND                                                                                                               
2826 root      20   0 38612  14m  10m S   38  0.7  41:02.40 gnome-system-mo                                                                                                       
1373 root      20   0 64872  20m 8228 R   34  1.0  59:47.17 Xorg                                                                                                                   
2851 root      20   0 45548  13m 9956 S    7  0.7   0:38.45 gnome-terminal                                                                                                         
2261 root      20   0 72564  22m 6588 S    1  1.1   4:38.93 compiz.real                                                                                                           
2867 root      20   0  2468 1176  836 R    1  0.1   0:42.87 top                                                                                                                   
2119 root      20   0  7360 2472 2004 S    0  0.1   0:08.58 ibus-daemon                                                                                                           
2305 root      20   0 10680 2476 2000 S    0  0.1   0:03.82 gdl_config                                                                                                             
    1 root      20   0  2528 1356 1068 S    0  0.1   0:01.66 init                                                                                                                   
    2 root      15  -5     0    0    0 S    0  0.0   0:00.00 kthreadd                                                                                                               
    3 root      RT  -5     0    0    0 S    0  0.0   0:00.00 migration/0                                                                                                           

以下省略

sss_sasaki による投稿:

システム管理>>ディスク・ユーティリティを調べたところ、

Reallocated Sectors Count　で　46個のバッドセクターが有ると言っています。
総合診断ではgoodになっているし、ネットでいろいろ調べたのですが、46個と言う数が、致命的かどうかよく分かりません。
一応新品のHDDなのですが。

それから、メモリーのリソースと言うのは、使用中のアプリケーションを閉じたら、減っていくのかと思っていたのですが、減らない状態は正常なのでしょうか。

　9.10にはディスク・ユーティリティなんてあるんですね。便利ですねこれ。値はS.M.A.R.Tを読みとっているみたいですね。
　新品だとたとえ不良セクタがあっても内部で代替処理が行なわれ、表面上はないはずなんですけど・・・
　誰か詳しい方の回答を待ちたいところです。

　linuxだと、余っているメモリを積極的にキャッシュとして利用します。今回のような大きいデータをコピーしようとすると、余ったメモリゼンブをキャッシュに回します。その際メモリ上にあるあまり利用されてない部分はswapに回されるでしょう。
　コピーが終了してもcacheは開放されません。勝手に開放されたらキャッシュの意味ないですからね。
　次回別のアプリなり起動すればその分キャッシュは開放されメインメモリの方に割り当てられます。
　ここら辺の正確な挙動をモニターしたいのなら、システムモニターではなく top を眺めていけばいいと思います。