ファイル名間違ってはいませんよね？ ~/.emacs.el ですよね？
貼り付けただけではダメで、その式を評価しないと反映されません。
あるいはemacsを再起動でもかまいませんが。

式を評価するには、範囲選択して、 C-x C-e です。
# 最初のうちは再起動の繰り返しが楽です。

pide@pide-laptop:~$ cat /home/pide/.emacs.el

(if window-system (progn

  ;; 文字の色を設定します。
  (add-to-list 'default-frame-alist '(foreground-color . "red"))
  ;; 背景色を設定します。
  (add-to-list 'default-frame-alist '(background-color . "black"))
  ;; カーソルの色を設定します。
  (add-to-list 'default-frame-alist '(cursor-color . "SlateBlue2"))
  ;; マウスポインタの色を設定します。
  (add-to-list 'default-frame-alist '(mouse-color . "SlateBlue2"))
  ;; モードラインの文字の色を設定します。
  (set-face-foreground 'modeline "white")
  ;; モードラインの背景色を設定します。
  (set-face-background 'modeline "MediumPurple2")
  ;; 選択中のリージョンの色を設定します。
  (set-face-background 'region "LightSteelBlue1")
  ;; モードライン（アクティブでないバッファ）の文字色を設定します。
  (set-face-foreground 'mode-line-inactive "gray30")
  ;; モードライン（アクティブでないバッファ）の背景色を設定します。
  (set-face-background 'mode-line-inactive "gray85")

))


です。この状態で、カーソルを文末においたままC-x C-e をすると、画面したにnilと出てしまいます。
ここでつまってしまいました。

回答ありがとうございます。
早速設定ファイル.emaca.elにコピペしてためしましたが、やっぱりnilでした。

回答ありがとうございます。
相変わらず何も起きません。そこでモードラインよりもわかりやすい背景色を以下のように変更しました。
  ;; 背景色を設定します。
  (set-background-color  "red")
これで、試してみると下のウィンドウに以下のメッセージが現れました。

Debugger entered--Lisp error: (void-variable red)
  eval(red)
  eval-last-sexp-1(nil)
  eval-last-sexp(nil)
  call-interactively(eval-last-sexp nil nil)

あきらめて、一旦終了して再起動すると画面が真っ赤になっていました。
うまくいったみたいです。しかし、なんでエラーが出力され、再起動してから設定が反映されるのでしょうか？

端末からではなく、上のパネルから起動しています。
両者で差があるのでしょうか？

yamaさま、回答どうもありがとうございました。
大変感謝しています。