> Alt キーの代わりに Esc キーでもダメですか?

Escでは正常に動作いたします。
ただMetaはAltで使うのになれてしまっていますのでこちらで動作させたいと思いまして・・

>念のためにお聞きしますが、AltとShiftキーを押しっ放しの状態で、<>それぞれ押しているんですよね?
はいそうです。

>同じ環境で特に問題が出ていないです。システムのキーボード設定でレイアウトを見直してみてください。
そうですか。確認ありがとうございます。

書き忘れてしまいましたが、ubuntuはVMware上で動作をさせています。（親OS:windows vista  子OS:Ubuntu)
#それが関係してるかはわかりませんが。

また、最初からubuntuをインストールしなおして、Emacsだけ入れて実行しましたが再現しました。

引き続き調査してみます。

Gnome の システム -> 設定 -> キーボードの設定 -> レイアウトのオプション を確認してください。
Group Shift/Lock behavior -> Alt+Shift changes group にチェックが入っている場合は、外してみてください。