はい。
ライブCDをUSBメモリに移しただけなので起動に関する設定は固定されたままです。
再起動後に設定は破棄されます。

保存領域が有効に働くのは通常のデータの保存や起動後に使用するファイル、メールやブラウザ等の設定です。

対策は
・HDDと同じ方法でUSBメモリにインストールしてみる。
・起動時に使用する設定を反映した初期化ファイルを作成して入れ替える
・各種設定、カスタマイズした状態のUbuntuをライブCD化したisoファイルを生成するソフトを使う

＞質問事項に関する記述ファイルや記述場所、変更方法が分れば教えていただきたいのですが。
（操作内容が分からないまま実行していくのでしたら手順を書きますが、大丈夫でしょうか。）

＞remasterという～～詳細手順がはしょってあり、理解不能でした。
（詳細が書けないほどクリックするだけなんです。簡単な説明は必要ですが。）

＞pc起動時にログイン画面を表示する」設定が含まれるのでしょうか…
（その辺は分かりません、理論上は大丈夫なはずですが「俺理論」はいつも狂ってます。）

一番の違いは手動か自動か、の点なのでremastersysを一押しですが、ライブCD／USBから実行した場合はどうなるのだろう。
/boot にカーネルは存在しないので出来上がった.isoは動くのだろうか？

HDDにインストールした環境がある、又は一時的に環境を作れる、バーチャル環境があるのでしたらremastersysを試してみませんか。
[Ubuntu 9.10]
http://www.geekconnection.org/remastersys/repository/karmic/remastersys_2.0.15-1_all.deb
[システム][システム管理][remastersys]を起動。
一番上の項目を選択してダブルクリック、又はOKをクリック。
/home/remastersys/remastersys　にcustombackup.iso が出来ているので「USBスタートアップディスクの作成」を使用してください。

ライブUSB環境しか無い！と言う場合は「手作業」になります。

ただ、どちらも求める結果が得られるか？　と言う点に付いては分かりません。識者のアドバイスが有れば良いのですが。

はい、CDの仕様上は考えられ無いです。

ヒントを残します。
・remastersysは望みの物を叶えてくれます。
・手作業でのヒントは設定変更後に[initrd]これを更新、又は再構築です。
・ファイルシステムを弄る。[unsquashfs]

いつか、その時が来たらこの辺をキーワードにしてみて下さい。
（customiz desuktop cd とかも）