atokx3 は、ロケールとしてja_JP.UTF-8 であることが、環境としての必要条件です。
よって、言語設定を英語にしたら動作しません。
また、英語環境においてインプットメソッドをiiimfにすると、対応している日本語入力アプリがありません。
(私の場合、この環境で簡体字の入力アプリがあれば、うれしいのですが。。。そんなものありません。)
あくまでatokx3 は、言語設定を日本語にしたとき、インプットメソッドをiiimfとする日本語入力アプリです。
それもUbuntuの場合、Ubuntu Desktop 日本語 Remix CDが前提条件となっています。
他の環境では、動作を保証されていません。おそらく動かないと思います。

それに比べ、インプットメソッドをibusにすれば、これは多言語環境を想定して設計されているので、
日本語の入力に対応していて当然です。また、そうでないと困ったことになります。

私はubuntuでなくkubuntu9.10を使用していますがATOKX3を使用できています。
英語環境というのはメニュー表示などのことでしょうか。
デフォルトのシステム言語は日本語にしてキーボード入力に使うIMはiiimfとしてKDEのSystem SettingsのRegional & LanguageでLocaleをUS Englishを一番上にして次にJapaneseという設定です。

Kxmさん
ご連絡が遅れてしまい申し訳ございません。
仕事が忙しく、なかなかためす事ができませんでした。

結論から申し上げますと、見事に私が望んでいる環境を構築する事ができました。
（メニューなどが英語、入力は日本語）
KDEはまだなれませんが、なかなか設定などもまとめられており、非常に満足して
おります。
今回は本当にありがとうございました。