色々いじっているうちに、と言っても no OpenGL で起動させるようにしたとかなんですが、
ファイルブラウザのアイコンが機能しなくなってしまいました。
cairo-dock 導入当初はちゃんと nautilus が開いたのですが・・・。
特に設定をいじった覚えは無いのに？？
クリック時に実行するコマンドには、nautilus --no-desktop --browser と入ったままです。
端末から実行すれば起動するので、システム自体がおかしくなった訳ではないようです。
特別大きな支障は無いんですが(^^;)

OpenGL を使用すると、ハードウェア支援が利用されて CPU 負荷が最小限に減るとともに、
Compiz に似た視覚効果の理容もできるようになります。
しかし、グラフィックカードやドライバによっては対応が完全ではないため、ドックの正常な実行に支障が出る可能性があります。

と言うことなので、no OpenGL で起動させると CPU を使いまくるのは仕方が無いのかも知れませんね。
私のところは core2Duo なのでそんなに問題ないと思いますが、CPU1 はちょっとマウス(タッチパッド)を動かしただけで、80〜90%の使用率になりますね。
でも、OpenGL を有効にすると挙動がやや不安定なので、私はこれでよしとします。

ちなみに、cairo-dock は GNOME、KDE、LXDE のいずれでも起動できますが、やはり GNOME との相性が一番良いようです。
GNOME のウィンドウマネージャである Metacity との相性が良いと言うことなんでしょうか。
KDE でランチャーをうにょうにょさせると、大きくなったアイコンがいくつかそのまま残ってしまいます。
w、しかも良く見ると、cairo-dock が2つ起動してる・・・。cairo-penguine が2匹で遊んでるもの・・・。

#27 でファイルブラウザのアイコンが機能しなくなってしまった件ですが、解決致しました。

根本的な原因は不明ですが、私の環境の場合、テーマを他のものに変えたときに、クリック時に実行するコマンドが書き換わってしまうことが直接の原因でした。
具体的には、

nautilus --no-desktop --browser .

が、

nautilus --no-desktop --browser

に書き換わってしまいます。
最後の半角空き＋ドットがあるかないかだけの違いなのですが。
書き換わった状態だと、私の環境ではファイルブラウザを起動できなくなってしまいます。
他のテーマにするときは、変更前に保存してるんですけどね。
まあでも、cairo-dock かなり良いですよね。

失礼しました。追記です。前記のまえに、hir0さまの
「コード:

#!/bin/sh

mkdir ~/mac-4lin
cd ~/mac-4lin
wget http://nchc.dl.sourceforge.net/sourceforge/mac4lin/Mac4Lin_v1.0_RC1.tar.gz
tar zxf Mac4Lin_v1.0_RC1.tar.gz
cd ./Mac4Lin_v1.0_RC1
./Mac4Lin_Install_v1.0_RC.sh」
が、必要です。