きっとUbuntu0.04はUbuntu9.04のことですよね? そうだと思って話を進めさしていただきます。

https://launchpad.net/~mizuno-as/+archive/ppa?field.series_filter=jaunty を見ると gimp の横に (Newer version  available) とあるので、新しいバージョンのパッケージがあるようです。

古いバージョンのパッケージをインストールしたい場合は、synapticならgimpを選択した状態で、上部のメニューの[パッケージ] → [バージョンの強制]でインストールしたいバージョンを選択すれば良いようです。(私はやったことないので間違っているかもしれない。)

すみません、gimpのバージョンアップがあったのは知っているのですが、既にJaunty環境が手元にないため、Karmic版しか作り直していません。
2.6.6-0ubuntu1.1はセキュリティアップデートのはずですので(内容は失念しました)、できればKarmicを使った方がよろしいかと思います。
Karmicであれば2.6.7-1ubuntu1.1ベースのものが使用できます。

mid による投稿:

Ubuntu自体を9.10にアップするのが正しいとは思うのですが、6月ぐらいにlynxへのバージョンアップを予定しているので、ここで無理せずともlynxへアップデート後にlynx版gimp-painter導入でいいかな？と思っています。
甘いでしょうか…

あー、言葉が足らずすみません。Karmicにしてください、というのはUbuntuそのものをKarmicを使ってくださいという意味でした。
Jauntyにkarmicのリポジトリを足しても、大体は不幸な結果が待っていますので、追加したリポジトリは削除しておいてください。
ちなみにLucidですと、64bit版でPPA上でのビルドが通らない問題があるので、公開できてなかったりします。パッチの問題なので開発元に報告しなければいけないと思いつつ、そこまで手が回ってません。
ですので、Karmicを使ってもらうのが一番楽かと。

3. の段階でgimp-painterがLucidのgimpに置き換わるはずです。パッケージのホールドをしておけば大丈夫かもしれませんが、ホールドした状態でのdist-upgradeがきちんと成功するかどうかはすみませんが分かりません。
gimp-painterのビルドはそれほど難しくないので、手元でビルドするというのはありかもしれません。Ubuntu標準のgimpがバージョンアップしたら上書き *される* ようにバージョンをつけて、debパッケージ化するのが楽でよいと思います。