私は、ubuntu-tweak からインストールしてます。

tetsuyakubo による投稿:

リポジトリが重複したときのUbuntuの処理が、どうなるのか分からないので、調べてはいるのですが。
よく分かりません。

バージョンの固定などで特別に指定していなければ、全リポジトリ中最も新しいとAPTが判断したものが使われます。

例えばskypeは、今日の時点ではarchive.canonical.comにある 2.1.0.81-1ubuntu5 が最も新しいと判断され、
既存の同名パッケージは2.1.0.81-1ubuntu5にアップデートされます。

# 2.1.0.81-1ubuntu5 のバージョンは「スタイルを設定」が初期状態で「デスクトップ設定」を使うようになっており、
# 10.04デフォルトテーマ(黒字に白文字)でプルダウンメニューの文字が読みにくい点に対処してあるのに気づきました。

仮に例えばskype.comのリポジトリも合わせて有効にしていて、そちらに2.2などのバージョンを持つ新しいパッケージが現れたら、
・アップデートマネージャはそれを通知してくる。
・アップデートを行うとそのバージョンにアップデートされる
はずです。