なにかの拍子に「ウィンドウの一覧」アプレットを削除してしまったとか?
パネルを右クリックで「ウィンドウの一覧」を追加すると復活しますか?

端末を開いて、
$ gedit .xsession-errors
とかするとエラーログが表示されると思いますが、その中をwindowとかlistとかそれっぽいキーワードで検索すると、なにかエラーが見つかりますでしょうか。

あとウィンドウが見えなくなってもAlt+Tabとかするとでてくるのではないかと思います。

アレはどうかなぁ？

パネル上で右クリック、「パネルへ追加」で、多分「ウィンドウの一覧」もしかしたら「ウィンドウセレクタ」かも。
それがパネル上に乗っかっていて起動しているウィンドウやアプリを表示させています。
何かの拍子に「パネルから削除」をクリックしてしまったとか？