役に立つかどうか分かりませんが、Ubuntu 10.04(クリーンインストール)で最新のアップデートを適用した上でntfs形式のパーティションのマウントをしてみましたが、日本語が含まれるディレクトリにマウントでき、ディレクトリの削除も起こりませんでした。

umountコマンドでは、どのような挙動になるのでしょうか。

/dev/sda3のExt2 をNTFSにフォーマットして端末からの操作で確認したところ問題は起きませんでした。

試しに/dev/sda6(NTFS)で試したら、相変わらずマウントディレクトリが削除されます。
NTFSは」問題に関係ないようです。

pc944さんの環境でも同じ現象が現れたのですね。

私の環境では[#1]と[#3]の状況です。
今日は色々と調べてみようと手始めに以前と同じ状況で有る事を確認してから、デバイスの順序が狂っているのを正すとどうなるか調べてみました。

問題が起こる「/dev/sda6」はHDDの最後尾に位置し、実際の順序的には「dev/sda8」となります。
端末から順序を正して検証を行った所、システム上では「dev/sda8」はswapとみなされてマウント出来ないので再認識させるために再起動を行いました。

無事に「/dev/sda8」はNTFSと認識されてマウントできますが問題の現象が現れません。
「/dev/sda8」より前に「/dev/sda9」をNTFSで作って試しましたが問題は起こりません。

デバイスファイル名の順序も関係ないようです。

現状では「再起動」が原因の可能性かと思いますが、問題が再現されなくなってしまいました。
状況としてはアップデートマネージャがアップデートを勧めていますがアップデートは行っていません。

このパーティションのUbuntuは、このままアップデートは行わないで残し、問題の再現を試みてみます。
アップデートで改善される問題なのか、極々稀なケースでのシステムの不具合なのか一般的に被害が少ないようですが、黙殺できる範囲を越えた現象だとは考えています。

pc944さんの方はどの様な感じですか？