USBメモリでUbuntuを起動させて端末から

$ sudo parted -l

を実行してUSBメモリと内蔵HDDのデバイスファイル名を確認して下さい。
デバイスファイル名は通常「/dev/sda」「/dev/sdb」「/dev/sdc」と接続されている順に末尾がa,b,c,d,eと割り振られます。
続く数字はパーティションの順番です。
内蔵HDDが/dev/sdaの一つ目のパーティションは「/dev/sda1」と表示されます。

USBメモリにブートローダーをインストールします。
PCがUSBからの起動に対応し、設定（自動の場合も有る）されている必用があります。

$ sudo grub-install /dev/sd?     
$ sudo uodate-grub
?の部分に、先程調べたUSBメモリのデバイスファイル名の末尾のアルファベットを。

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残念ながらHDDのvistaのブートローダーは上書き消去されてしまっています。
未検証ですが凄く小さなチェインローダーの使用が最近フォーラムで有りましたので試してみませんか？
未検証＝試験的なお願いでも在るのですが、、、

liloと言うパッケージをダウンロードして展開します。
liloはGRUBと同じくlinuxのブートローダーでUbuntuのパッケージとして用意されています。

$ sudo apt-get update
$ sudo apt-get-install lilo

liloのチェインローダーとしての機能を内蔵HDDのMBRにインストールします。

$ sudo lilo -M /dev/sd? mbr

「?」の部分は先程調べた内蔵HDDのデバイスファイル名を参照して下さい。

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上手く行きましたら報告下さい。