パッケージ依存関係の為に「要らないモノ」が「付いてくる」のは仕方ないでしょう。
http://packages.ubuntu.com/maverick/geogebra
# 「付いてこない」ようにする妙技がひょっとしたらあるのかもしれませんが。

今回の場合、sun-java6-jre パッケージもインストールし(やり方は調べてください)、update-java-alternativesコマンドを使うことで(使い方は調べてください)、sun-java6-jreをシステムのデフォルトに切り替えるのがシンプルで良いでしょう。

amane1224 による投稿:

STGSAGWANさんが提案していただいた"update-java-alternativeのコマンドで
実行してみました。ですが、やっぱりOpenJDKの依存関係はとぎれることなく
OpenJDK-jreをアンインストールすると一緒にgogebraのパッケージも削除されてしまうようです。

update-java-alternativeコマンドでデフォルトを切り替えることと、Geogebraのパッケージ依存関係のこと、これら2つに関連性はないです。