Fedora14 で試したら成功した方法です．

一番簡単なのは，環境変数 FONTCONFIG_FILE に無効なファイルを設定することでした．
設定が読めなくなって fontconfig が効かないせいか，なんと，日本語が汚いですが表示されます．
FONTCONFIG_FILE=/dev/null xine

少しはフォント選択を制御しようと思って，
次の内容のファイルを作り適当なディレクトリに fonts.conf の名で保存，
;; 私は xine の隠しディレクトリに保存 ( $HOME/.xine/fonts.conf ) しました．
;; また，Helvetica の alias としては VL Gothic にしてあります．

<?xml version="1.0"?>
<!DOCTYPE fontconfig SYSTEM "fonts.dtd">
<fontconfig>
        <include>/etc/fonts/fonts.conf</include>
        <include>/etc/fonts/conf.d</include>
        <!-- PostScript -->
        <alias binding="same">
          <family>Helvetica</family>
          <accept>
          <family>VL Gothic</family>
          </accept>
        </alias>
</fontconfig>

環境変数 FONTCONFIG_PATH をそのディレクトリのパスに設定したら，
メニューの日本語が表示されました．

FONTCONFIG_PATH=$HOME/.xine xine

gnome のメニューのコマンド欄に登録する時は最初に env コマンドを置き，
パス指定に $HOME とか ~ 等の「変数」を使わないようにすれば OK でした．

env FONTCONFIG_PATH=/home/ユーザ名/.xine xine

また，最初の環境変数 FONTCONFIG_FILE に，上で作ったファイルのフルパスを指定しても良いです．
この場合はファイル名を fonts.conf 以外のもの，例えば xine-fonts.conf にしても OK です．

環境変数 FONTCONFIG_{FILE,PATH} の役割については fontconfig のドキュメントを探しても有りませんでした．
これらの役割が将来も変化せず，同様に使えるかは分かりません．

こんな方法があったとは知りませんでした
ローカルな設定だけでフォントを変換できるのですね

他のソフトにも応用が効きそうな技ですね

エレガントな回答、ありがとうございます

おっと　なんか変な書き方をしてしまいすいません

最初の質問の意図はお察しの通り「xine が使うフォントだけ変更したい」ということで#2の方法で完璧で、
「他のソフトに〜」のくだりは、「海外製のソフトだと今後もこのような状況はありうるな」と、ふと思っただけでした。

これを機会にfonts-confのマニュアルを読んでみます
いずれ#2のような設定ファイルをサラっと書けるようになりたい・・・