最近、DVD化はしてないので、過去の記憶からですが.....

扱いが簡単なのは、devede ですが、細かいことは出来なかったと思います。
avidemux とかで、ある程度作業しておいてからでないと、希望のことはできないかもしれません。
次の候補は、qdvdauthor。 あまり使ったことないので、詳しい機能は分かりませんが、devede よりは高機能。
それでもダメなら、いろんなアプリを試してみる。
（ppaやgetdeb を含めると、Ubuntuで使えるものが沢山あります）
一発で希望のことが出来なくても、組み合わせると出来ることは多いと思います。
特に、CUIツールを組み合わせると、意外と簡単に出来たりもします。