１と２はインストーラの挙動としてデフォルトでは、一番目の内臓HDDのMBRにブートローダをインストールします。
通常、一番目の内臓HDDはWindowsと言う構成が多いためインストール時にブートローダのインストール先を変更しないと懸念している状況になります。

３はどうかな？
BDを知らないのですがCDやDVDと同じ扱いならデフォルトで使用されるブートローダは全く別のものです。

ブートローダのインストール先の指定は可能です。

蛇足的に説明を付けるとWindowsもLinuxもブートローダは後からインストールする事もできますので、間違った場合は「元に戻す」と同等の事が行えます。　Windowsの場合は前もって準備が必要な場合が多く、先のUbuntuインストール時のブートローダのインストール先の指定を行わなかった事などでのトラブルが一番多く感じます。
「元に戻すと同等」と書いたのはメーカー特有の仕掛けがある場合が稀に有り、Microsoft社のブートローダをインストールしても「元に戻る」では無い場合が有ります。

で、ブートローダのインストール先の変更ですがバージョンによってインストーラーの仕様が違うのでフォーラムwikiやネット上、又は別スレッドを立てていただくと良いと思います。



DVDにUbuntuをインストールした場合はライブCD、つまりインストールに使用するCDと同じ物が作られます。
HDDにインストールせずにOSを起動させる事が出来ますが、各種設定やアプリ、データ類は保存が出来ません。
ブートローダはisolinux が使用されます。
isolinuxは雑誌の付録などでの付録のブータブルディスクにも使用されています。

CDと同じ内容をUSBメモリ等に行うとブートローダはsyslinuxが使用されます。
USBメモリの場合書き込みが出来る為にCDと同じ仕組みを持ちながら設定等を保存することが可能です。
またHDDと同じインストールを行うことも出来ますがUSB-HDDと違い速度やデバイスとしての耐久性等、「安心して数年使う」と言うのはどうかな？と思います。
蛇足情報としてはGRUB（Ubuntuで使用されているブートローダ）はCD/DVD 、USBメモリにも使用することが出来ます。

補足の質問なのですが、

２基目の内蔵ディスクか外付けHDDを用意し、そのディスクにUbuntu本体とブートローダGRUBをインストールすれば
元のMBRとGRUBが共存し、Windowsと全く干渉させずにUbuntuが利用可能と考えてよいのでしょうか？
そしてそのディスクを取り外す、あるいはフォーマットすることでUbuntuがない元のWindowsＰＣに戻るという認識で問題ないでしょうか？

また１台のＨＤＤにWindowsとUbuntuを共存させる場合ですが、この場合はWindowsPCに後からUbuntuを入れると
MBRは必ずGRUBに書き換えられてしまうという認識でよいでしょうか？
この場合はリカバリーディスクを使えばMBRを修復された出荷状態のWindowsＰＣに戻るということでしょうか？

すみませんが、よろしくお願い致します。

とても詳しいご回答本当にどうもありがとうございます。
大変よく分かりました。

Ubuntuに挑戦したくなったので、本を買ってこれから勉強します。
hir0様、hmatsue様本当にどうもありがとうございました。