anoさん

さすがに24時間連続運用は自分はやったことが無いので、参考程度に。

出来ればUSBメモリで常時起動はやめたほうが良いかなと思っています。
理由は、耐久性の問題が一番ではないでしょうか。
USBメモリは外部からの熱でたやすく壊れてしまう事例が散見されているので、(PC自体の排気熱での故障等)あまりお勧めできません。
どうしてもUSB接続でなければならないのでしたら外付けのHDDのほうがよほど安全かと思っています。
消費電力等不利な点は多いですが、24時間というのであれば安全性を最優先したほうがよいかと思います。

ご意見ありがとうございます。

やはりUSBメモリでの運用はリスクが高いようなので、素直にHDDにシステムを入れてみようと思います。
HDD交換が楽になるというメリットがあると考えたのですが、その前にUSBメモリが壊れてしまうようでは全く意味がありません。
USBメモリはバックアップやトラブル時のレスキュー的な使い方があっているようですね。

ファイルサーバ程度なら、PCブート後はオンメモリに近い状態になるから、USBメモリの読み書き性能って考慮しなくてよいと思うんですけどね。
読み書きがなければそこまで過激な発熱もしないでしょうし。
ファン排気とは離れたUSBポートに挿せば、問題もなさそうですし。

予備機としての用途に備えるらしいので、OSはUbuntu 11.04 Desktopという事でしょうか？
せめてパッケージ更新の少なめの10.04 LTS、更にはサーバー版の方が良くないですか？
ちなみに、私なら、この用途にUbuntuではなくFreeNASの方が面白そうだと思ってます。

STGSAGWANさん、こんにちは。
可用性についてはそれほど高いレベルは求めていません。24時間運転するつもりですがだからといって1分たりとも落ちていたら困るわけではないです。自宅内で趣味でやっているだけです。なので壊れたら交換するというのもありなのですが、数ヶ月や1年くらいで壊れてしまうようだとさすがにUSBメモリといえど高く付いてしまいます。
UbuntuについてはLiveCDを触ってみてこれは面白そうだと思ったので選択しました。ちなみに今まではDebianを使用していましたので親戚(?)にあたるUbuntuならばだいたいわかりそうだというのもあります。
また、市販のNASキットやFreeNASではファイルサーバのみになってしまい予備機として使えないのとLinuxのDesktop環境を使ってみたいのもあり選択肢からは外しました。
実際にUSBメモリで長期運用しているよという方がいらっしゃれば感想を知りたいと思いフォーラムへ投稿してみたのですが、やはり向いていないようです。