UbuntuではSkypeそのままではうまくいかないことが多いです。　
そんな時、私はアプリの優先度をあげるという方法で回避しています。

ＧＵＩの方法：
その方法ですが、
・まず、システムツール　の中の　システムモニタ　を立ち上げる。
・プロセスを選ぶ。
・Skype　を探す。
・右クリックして優先度を選ぶ
・数字を下げる　例えばマイナス5とかにする
・おそらくパスワードを尋ねられるので
・そうしたらパスワードを入力する
　・ここで、rootのグループでないとダメですよ
・次に pulseaudio を探す
・同様にその上で右クリックして優先度を選ぶ。
・これも同じように数字を下げる

これで成功したらおそらくプチプチは減るでしょう。
ちなみに　ubuntu11.04ではこれでも重かったけど
linux mint にしたら実用的になりました。