私もCompizConfig設定マネージャで、ランチャーを常に表示するように設定していますが、
正常に動いています。
念の為、設定は以下です。
CompizConfig設定マネージャ→デスクトップ欄の「 Ubuntu Unity Plugin 」にチェック
「 Ubuntu Unity Plugin 」内の「 Hide Launcher 」に「 Never 」を選択

この状態で初期メニューに戻り、左下方にある「設定 ＞」から、プロファイル欄の「エクスポート」
を選択し、適当な場所に設定情報を保存できます。
※この際、「プロファイルをエクスポートする際に、デフォルトのオプション値を省きますか？」と
聞いてきますが、「はい」で保存した結果は以下の様になっています。
[wall]
s0_flip_left_edge =

[gnomecompat]
s0_main_menu_key = Disabled
s0_run_key = Disabled

[unityshell]
s0_launcher_hide_mode = 0
s0_icon_size = 36

[core]
s0_active_plugins = core;bailer;detection;composite;opengl;decor;resize;snap;move;mousepoll;regex;wall;imgpng;grid;compiztoolbox;gnomecompat;vpswitch;place;animation;expo;session;workarounds;unitymtgrabhandles;fade;ezoom;scale;unityshell;

上記の内
[unityshell]
s0_launcher_hide_mode = 0　← これが「常にLauncherを表示」
s0_icon_size = 36 ← 私はLauncherに表示するアイコンのサイズを小さくした

の部分が該当の設定と思われます。

chichinpuiです。

私は最大化時も、ウィンドウが重なった時も、設定通りランチャーが残っています。
何か、他のパラメータと排他の関係でもあるのでしょうかね？

ちなみに、Ubuntu Unity Pluginのチェックを一度外して無効化し、再度有効化するとどうなり
ますでしょうか？
記憶で申し訳ありませんが、一度「Ubuntu Unity Plugin」を無効化し、再度有効化した時に、
既に設定されていた他の機能を無効にする必要があります。と言われ他の機能を複数無効化
した事があります。（既に設定できていた事を考えると矛盾してるなあ、と思ったので。。。）

私に思いつくのは、これくらいです。

ご回答ありがとうございます。

結果としましては、rohizuka様のおっしゃるとおり、2Dでした。
とくに何事もなく動いていたので、Unityだろうとおもってみたら、Unity 2Dでした。

ご紹介いただいたパッケージで無事に望む動作が行えました。

chichinpui様、rohizuka様、ありがとうございました。