１．増設　ｈｄｄに　ｕｂｕｎｔｕｎを　導入する際　他の　ｈｄｄ　を外してインストールしても良いのでしょうか

外すHDDがATAでなければだいじょうぶです。
付けるHDDがATAの場合は、すでにマスターのDVDドライブがある場合はスレーブでだいじょうぶですが、1台のみのときはマスターになるように付けてください
以前のUbuntuでは他のOSが見えないと、システムクロックをUTCに合わせてしまうという時期がありましたが、現在はだいじょうぶです。

２．ブートローダ　ｇｒｕｂは　ｕｂｕｎｔｕｎを　インストールした　ｈｄｄに　入れれば良いのでしょうか

外してしまってあるHDDは見えないので、そのままsd?に入れてください。
もしも、HDDを外さずにやるときにはくれぐれもWindowsが入っているHDDを確認して、そこに入れないでください。

３．インストールが終わりましたら、BIOSでUbuntuが入っているHDDをHDDの中の起動順をトップにしてください。
もし、WindowsがはいっているHDDのケーブルを外してある場合はもとに戻してください。

4.Windowsが入っているHDDをつけたままUbuntuをインストールした場合はこれで終わりです。
PCを起動するたびに、Grubメニューが出ます。Windowsを起動したければ、メニューの一番下にあると思います。

５．WindowsHDDを外してUbuntuをインストールした場合は、WindowsHDDのケーブルをもとに戻しただけではGrubメニューに反映されませんので、Ubuntuが起動できたら、デスクトップから「Ctrl」「Shift」「T」を押して、gnome-terminalを起動させ、

sudo update-grub

を実行してください。次回の起動からGrubメニューが表示されます。

参考ですが、私も、WindowsHDDとUbuntuHDDを別にしています。ついでにUbuntuHDDはCoregaの外付けHDDケースを使っています。このケースはUSB接続とeSTA接続ができますので、スピードが必要なときはSTA接続を使っています。PCケースに内蔵しても良いのですが、簡単に取り替えられますので重宝しています。これで、日本語Rｅｍｉｘ、Ubuntu-amd64、Lubuntuを取り替えながら遊んでいます。