手元にコーデック可能な5.1ch録音DVDが無いので、確認ができないのですが、ご容赦ください。

ハード側の話として、まずスピーカー選びで確認する事に、入力端子の抵抗が何Ωかという事が有ります。
マザーボード出力端子よりスピーカー入力端子の抵抗が高いと、スピーカーに送られるべき音声信号が、跳ね返されてしまいます。

OS側ですが、「システム設定」＞「サウンド」＞「出力」＞「サウンドの出力先」を指定した後、
モードは5.1chなどのウーファー対応出力に設定されてあるのでしょうか？

もう一つ、音声フォーマットがリニアPCM、Dolby Degital、DTSとありますが、音声を変えても同じ症状が出るのでしょうか？

私はOSが12.10で、M/BはASUSのP8Z77-V Proを使っているのですが、
音声がリニアPCMステレオで、設定を「アナログサラウンド5.1chOutout」にすると、
Lchからはセンター音声、RchからはSub-wと思われる小さな音声が聞き取れ、ノイズは確認されませんでした。
ちなみにイヤホンは、iPod Classicの付属品です。

Kenjiさん

サウンドカードの品名などが無いのでなんとも言えないのですが、(多分オンボード？)知識の範疇で回答してみます。

サブウーファーは5.1chの0.1の部分ですが、これが扱う音声の周波数は高くても200Hz以下です。

あまり周波数の大きい音成分を入力すると壊れる可能性があるので、もしかしたらサウンドチップ側で制限しているのかもしれません。

ですのでホワイトノイズのみが出力されるのは回路保護の観点で間違ってはいないと思います。

ヒントをいろいろありがとうございます。

■futatsuya710さん；
まず、「テスト」ですが、ubuntu12.04で、いわれる通り、「システム設定」＞「サウンド」＞「出力」＞「サウンドの出力先」で、「アナログ出力　Built-in Audio」を選択、「モード」を「アナログサラウンド5.1 Output」にし、「テスト」で、「中央前」、「Subwoofer」をそれぞれ選択します。

これで、イヤホンの左側からは音声、右側からはノイズが出ました。

で、試しに5.1chサラウンドのDVDを再生してみると、左側からは音声、右側からは小さな音でその音声が聞こえます。
このDVDは、音声はDTS-HD Master Audio／5.1chとなっています。

■kuroSさん；
サウンドカードは使わず、オンボードです。
M/Bは、ASUS P8Z68-V LEです。

イヤホンをセンター/サブウーファ端子に差し込んで、私と同様に「テスト」を実施した場合、右イヤホンからは、何が聞こえますでしょうか？

Kenjiさん

＞左側からは音声、右側からは小さな音でその音声が聞こえます。

この場合、左側の音声がセンタースピーカー用の音声で、右側から出ているのがサブウーファー用のLFE(低音効果用)音声です。

サブウーファーではこの音声をハイカットフィルター(もしくはローパスフィルター)で必要な周波数だけを抽出して、効果音として出力します。

AVアンプなどをお持ちであればわかるのですが、映画などでは、センタースピーカーが主に主人公の会話などの音声を、フロントスピーカーとリヤスピーカーで環境音を、サブウーファーで極低音の効果音を担当しています。

これは、ライブなどの音楽DVDなどでは出力がまた違います。センタースピーカーとフロントスピーカーで左右とセンターの音を担当して、リヤスピーカーでホールなどの反射音。サブウーファーは同じく低音部分を担当します。

追記です。
私も5.1ch出力に設定して、イヤホンでテストを聞いてみましたが、
FL、FR、RL、RR、Cからは女性のアナウンスが聞こえ、
SWからはザーというノイズ音が聞こえました。

方針としては間違ってはいないと思いますが、アンプをウーファーに内蔵させなくてもよろしいのでしょうか？
自作を希望されているようですので、長く愛用されるのであれば、コンパクトに機能をまとめた方がよろしいかと思います。

また、外付けのアンプを使われるのであれば、スペックは分かりませんが、
光デジタルケーブルを使うのも有りかと想います。
規格上、DACで24bit/96kHzまでサンプリングしてくれるみたいです。