取りあえずFAT32で領域を確保しておけば大丈夫だと思いますが。

　http://www.atmarkit.co.jp/flinux/rensai/linuxtips/958ext2fsd.html
　Windows側に読み書きできるようになってもらうという別解。

　NTFSはプロプライエタリなものなので、ファイルの読み書きくらいは大丈夫なようですが、各種の属性などの対応は怪しく、フルセットで使ったときは微妙な気はします。
　Linux側のファイルシステムは、ソースコードを含め公開されているわけですから、「リバースエンジニアリングや、推測によらない」設計のはずです。

　という前提条件なら、Windows側に読めるようになってもらうほうが、どっちかに寄せる場合、安心できそうな気はします。
　ただ、ファイルの属性の扱いが共通するものとそうじゃないものもあるので、あんまり共有するパーティションでは凝ったことをしないほうが安全な気はしますし、両方からアクセスする場所はシステムと別には用意したい気はします。

　NTFSのアクセスも方法論はいろいろあった気がしますし、Windowsのバイナリを直接使うなんて方法もあったような。
　現状デフォルトでどうやってマウントしているのか使ってないので確認していませんが。

　shingenさん、書込を有難うございます。

shingen による投稿:

USB接続のハードディスクにデータを保管していますが、NTFSでフォーマットしてあります。
単純に、ウインドウズXPからも、Ubuntu12.04からも、何の問題もなくアクセス、閲覧、書き込み、文書修正ができます。

　USBへのBackupもいいですね。
それにNTFSで問題が起こってないということですね。
NTFSは、書込が遅いというネックがありますよね。

shingen による投稿:

それと、sanbaなどを使って、ネットワークの共有設定をする場合は、話は別です。その場合はよく知りません。anjkuさんと使い方が違うかも分かりませんが、一応、NTFSにはUbuntu12.04からアクセスできるということです。

　そうですね、Sambaで共有という方法がありますね。
考えていませんでした。

>一番無難だと思うんですが、容量が32Gまでの認識もネックなのです。
>１００G近くを共有領域にしようと考えています。

FAT32の32GB制限はWindowsNT系でフォーマットしようとする場合のもので、
サードパーティ製ソフトやLinuxからのフォーマットでは100GBくらい確保できた気がします。
1ファイル4GBの制限は仕様なので仕方ありませんが。

exFATはexfat-fuseを導入することで読み書きができたはずです。PPAを導入すれば最新の1.0系が利用できます。
安定性は試したことがないので詳しくはわかりませんが、サイズ制限の問題は解決できるでしょう。

　FAT32自体は2TiBが容量としては最大です。
　ただ、Windowsでは標準のユーティリティーが32GiB迄を想定しており、構造上、ジャーなリングなどによる保護もありませんので、「NTFS等を使うことが望ましい」ということで制限している部分もあります。
　ですので「橋渡し」でいいのならそれでかまわないと思いますが、保存をかねるようなら、もう少し検討が必要かもしれません。

　うーん。
　「FAT32が32GiB以上をサポートしない」理由としてMicrosoftが「NTFSを使ってほしいのだ」という意味だったのですがね。
　ですから、標準で使えないextナントカは書かなかったわけですが、Windowsにあわせたドライバの仕様で、ドライバは書かれているはずですので、容量と、機能サポートという意味では、Windows側にLinuxのファイルシステムを読めるようになってもらったほうがいいだろうと話しました。
　FATやFAT32は、構造が単純なので、互換性や可搬性は高いので、制限をつけてもサポートが残されている側面もあります。
　反面、ファイルの管理や、エラー補正などの仕組みが無いので、大容量で使う場合は、必然的に被害が大きくなるということでもあります。
　NTFSには圧縮や、各種のプロパティーがあるわけですが、それらの属性は、Linux側からは、きちんとアクセスできませんし、場合によってはファイルを壊します。
　解析や推測によって作られたドライバというのは「わかったところ以外は未実装」なのですから仕方ないです。
　なので、「共有する場合にも」NTFSと書いてはおらず、「MicrosoftがWindowsで」使うときには、NTFSを使わせたいのだろうという話なのです。
　Ubuntu側で修正すればいいのですが、NTFSとしては問題が無くてもWindowsの仕様として問題がある仕様というのはありますので、いずれにしてもファイル名の扱いなどは、何を選択するにしてもあらかじめ共通して使えるものを確認しておくべきだと思います。