virtualbox上のubuntu 13.04 japanese remix(vim-gnome 2:7.3.547-6ubuntu5をインストール済み)で確認してみましたが再現しませんでした。

* 起動後初めて入力モードに移り、入力メソッドをMozcに切り替えると、日本語が入力できる。
* その後コマンドモードに移り、さらに入力モードに切り替える。そうすると、入力メソッドをMozcに切り替えることが出来ず、日本語を入力できない。

この操作を以下の様に確認してみました。(キー操作で表現しています)

1. gvimを起動する->[i]nsert->全角/半角(mozc on)->日本語入力->mozc onのままでesc
2. [i]nsert又は[a]dd->全角/半角(mozc on)->日本語入力

ちなみにmozc onのままでescしても、mozcをoffにしてからescしても次の入力モードで正常にmozcをonにする事ができました。
virtualboxのホストOSであるubuntu 12.04.2-64bitでも同様。

英語キーボードだったんですね。
http://store.sony.jp/Special/Computer/V … d_pro.html

ibusアイコンの設定で確認すると、切り替えショートカットが以下の様に設定されています。

Control+space; Zenkaku_Hankaku; Alt+Kanji; Alt+grave; Hangul; Alt+Release+Alt_R

Windows等で一般的に英語キーボードを使うとAlt+"~`"となっていますが、unityデスクトップを使っているとアプリケーションウィンドウの切り替えになってしまう。
左Altを使うとHUDの起動となってしまう。
結果的に右Altとなってしまう感じですね。

試しにContorl+spaceで確認してみてはいかがでしょうか。
(使い慣れたキーから変わるので、やりずらい所もあるかと思いますが)