Windowsでの概念は捨てると言えば多げさですが色んな面で、同じ部分と似て否なる部分が有るので頭が痛いかも。

通常ソフトウェアは拡張子がdebで表記されているパッケージファイルで配布されています。
deb形式はLinuxのディストリビューションのDebianで採用されているシステムで、Debianの系列のUbuntuもdebパッケージを使用しています。

パッケージファイルはネット上に配置されてインストールやバージョンのアップグレード等を管理するパッケージ管理コマンドを使用してインストール、アップデート、アップグレード、アンインストール等々を行います。
GUIでのツール「ソフトウェアセンター」や他にもウィンドウとマウスクリックで操作が行なえる方法も用意されています。

ネット上に配置されているパッケージ置き場をリポジトリと言い、最初から設定されている公式リポジトリや有志によるパッケージや開発版のパッケージが置かれているUbuntu以外のリポジトリを設定するとシステムが破綻する可能性が有りま。
同じUbuntuでもバージョンの違うリポジトリを混ぜるのも危険です。


この辺が、まあ普通の注意書きみたいな感じで、質問に有る様な場合はソースファイルからコンパイルして使用します。
方法は様々で、Windowsのソフトウェアのインストーラーの様に生成した各種ファイルを各ディレクトリに自動で配置してくれる物が殆どですが、一部分手動で行う事も有ります。
ソースからコンパイルするのに必要なパッケージや、コンパイルした目的の物が動くために必要なパッケージを手動でインストールする必要が有ります。
コンパイルするLinuxの環境による違いも出てきますがこの辺はUbuntuに対応していると明記されて要れば問題は有りません。
その辺は、テキストファイルや配布元のサイトに書かれているかシステムのチェックを行う方法が用意されていたりします。

先程書いた「パッケージ管理」と「パッケージファイル」は煩わしい作業を全て一元管理してくれます。

コンパイルしてインストールした物は削除する方法が準備されていなければ、インストールで配置されたファイルを手作業で削除する必要が有ります。　バージョンのアップグレードやセキュリティ上のアップデート＆アップグレードも自分で管理しなければいけません。


で、やっと本題です。
インストールしようとしているソフトのアーカイブの名称とダウンロード先を教えていただければ確認してみますし、他にアドバイスが出やすくなるはずです。

標準のリポジトリに存在していたり、比較的安全なパッケージが存在しているかも知れません。

ただソースファイルからのコンパイルはどうするの？
でしたら大雑把な説明になります。　環境に合わせて足りない部分を試行錯誤＆検索して下さい、幾つかこなせば大体のソースはコンパイルできるようになると思います。
基本的には用意されていない物は相応しくなく、手動で入れる物は（正常なシステムの稼働に付いては）危険です。

システム→システム管理→Synapticパッケージマネージャ　を起動して下さい。

左の窓の選択が「すべて」になっているのを確認してください。
クイック検索窓に「xkeycaps」と書き込んでください。
この検索窓は文字を一つずつ入力する度に候補が検索されていきます。

「xkeycaps」が標示されるはずですので、その部分を左クリックか左端の四角のチェックボックスを右クリックすると小さなメニューウィンドが開くので「インストール指定」を選択してください。
Synapticパッケージマネージャ本体ウィンドウの上段に有る緑のレ点マークの適用がアクティブになりますのでクリックしてインストールしてください。

Synapticパッケージマネージャを使用したインストール方法であってインストールした「xkeycaps」がどの様なものかは確認は取っていません。

すみません。コンパイルの例を投稿しようとしたら#6 が有りました。
#6への回頭では有りません、折角書いたので投稿します。　一部アイコンの解決方法は偶然ですが書いています。


追伸
コンパイルに必要な環境は幾つかのパッケージをインストールすれば整います。
コンパイル自体は極端に言えばコマンドを入力するだけです。
コマンドは複雑では有りません、全てと言って良いくらい限られた物を使用します。
「configure」「make」「make install」「sh ./install.sh」「bash software.bundle」等が有り、どれを使用するかはテキストファイルに記載されている事が殆どか、パターン化されているので不親切な場合も。
付随する通常コマンドは「cd」「sudo」辺りですね。
私は比較的に簡単で楽と感じますが、コンパイルするソースが必要とする環境を整えるのが地味で面倒な作業でソースの書き換えを伴うことも有ります。時には使用しているUbuntuのバージョンでは必須環境が揃わない事が途中で判明する等、「今までの時間は何だったのだろう」と遠くを見つめることも有ったような無かったような、、、

#3で書いたことと合わせてソースからのコンパイルは敷居が高いのは手作業部分が多いほど大変で、システム依存が有ればコンパイルするシステムに合わせたソースの書き換えが必要になり、その方法はネット上に案内されていたり、テキストエディタで一行書き替えるだけのものエラーメッセージから自力で追っていくものまで実行してみるまでは分からない所ですね。
あっさり成功するか、出会った問題が自分のスキルにチョイ上乗せ程度の時もあります。




システムにコンパイル環境を整えます。
$ sudo apt-get update
$ sudo apt-get install build-essential
$ sudo apt-get install autoconf
$ sudo apt-get install automake

後は必要に応じて実行時にシステムメッセージが案内してくれるかも。
xkeycaps-2.46.tar.Z ダウンロード
ホームディレクトリに解凍。
端末を開き確認。
~$ ls

「xkeycaps-2.46」が見えますか？
xkeycaps-2.46フォルダの中に移動します。

$ cd ./xkeycaps-2.46
$ ls

READMEが有るので読んでみます。
$ more README

xmkmf ; make ; make install ; make install.man
これがコンパイル＆インストールの様です。
「Q」keyで終了します。


$ kmkmf

プログラム 'xmkmf' はまだインストールされていません。  次のように入力することでインストールできます:
sudo apt-get install xutils-dev

$ sudo apt-get install xutils-dev

では改めて再開します。

$ kmkmf
Makefileが生成されたので

$ make
必須ファイルが無いらしいので、ファイルを持っているパッケージを探してインストール

$ sudo apt-get install libxaw7-dev

もう一度　$ kmkmf を行なうと現在のMakefileをリネームして新しく生成しくれたので、再度、改めて
$ make

コンパイルが完了してWindowsで言う所のドライバ類や実行ファイルが作成されました。
（ここで終わりの場合も有ります、フォルダ内に出来た実行ファイルをクリックしたり端末から指定して起動します）

インストール（出来上がったファイル群を各システムフォルダに配置したり設定ファイルを書き上げたり）
$ make install

エラー　:Permission denied

権限が無いと起こられるので、一時的に管理者の権限を利用できるようにします。
「sudo」をコマンドの先頭に付けます。

$ sudo make install

install -c   xkeycaps /usr/bin/xkeycaps
install in . done

終わったよ、と言っています（もう少し完了感を出してくれても良いのになあー）

man 説明書です。　例えば先程から出ている「apt-get」端末から $ man apt-get してみて下さい。
で、manをインストールします。

$ sudo make install.man

$ man xkeycaps を実行してみると、、、日本語化はまだの様です。

[make install] 以外の[make install.man]等はソフトの開発者が用意したコマンドで全てに有るわけでは有りません。
アンインストールのコマンドやmakeでコンパイルしたものを削除してフォルダ内をクリーンにするコマンドなどもソフトウェア（ソースファイル）存在します。


xkeycapsで使用されたMakefile を見てみると

make clean
make distclean
make install.sdk

が存在します。

では「xkeycaps」を起動してみましょう。
システムの設定を変更するソフトのようなので、起動時にパスワードを求められない様でしたら「sudo」を付けないと設定保存の段階で「保存できません」と泣くことになるかも知れません。

$ sudo xkeycaps

デスクトップ画面にキーボードの絵が表示され、無事（？）起動しました。
アイコンを登録するにはデスクトップなどで右クリックして「ランチャの生成」。
コマンド欄に　sudo xkeycaps   と入力。

種類はアプリケーション。
左上のバネが付いた画像をクリックして開いたウィンドウから好きなアイコン（自作、既存）を選ぶ。
上部パネルやパネル内の「アプリケーション」の中や「システム」の中にも配置できますが詳細は割愛。

コンパイルの流れはこんな感じです。
「システムにコンパイル環境を整える」で足りない物が有るかもしれませんが臨機応変で頑張ってみてください。
こんな感じで「あっ、無いや」でインストールするので、私の環境に何が入っているのか良く分かっていないませんorz

hir0 さん による投稿:

では「xkeycaps」を起動してみましょう。
システムの設定を変更するソフトのようなので、起動時にパスワードを求められない様でしたら「sudo」を付けないと設定保存の段階で「保存できません」と泣くことになるかも知れません。

$ sudo xkeycaps

質問者が Synaptic パッケージマネージャでインストールしたソフトを起動するには のスレッドを立てているのでこっちに書くべかどうか迷いますが，

1. GUI ツールを sudo で起動するのは環境変数などの設定の面からも推奨されていません．
2. xkeycaps は xmodmap のフロントエンドで，システムの設定変更専用では無いはずです．
3. xkeycaps は日本のキーボードに対応していません．下手に弄って設定が保存されてしまうと逆に泣くことになるかも．

参考:【済】キーバインドの変更方法 の hito さんの投稿

Marutan さん による投稿:

余ったパーツで組み立てたPCにUbuntuをインストールしています。
キーボードも余っていたもので、英語キーボードですので問題は無いと思います。
ただコンパクトキーボードでキー配置がかなり変なので、変更したいわけです。

xkeycaps を使ったことは有りませんが，
xkeycaps は xmodcap の単純な GUI フロントエンドのような印象ですので，
xmodmap の知識がある程度必要だと思います．

Unix の作法に不慣れな人がキー配列を弄るのに適当な方法が他に有るかも知れません．
スレッドタイトルを変えて質問された方がより情報が集まると思います．

>1. GUI ツールを sudo で起動するのは（中略）推奨されていません．

ではどうやって起動するのでしょうか？よろしくお願い致します。

の質問に関しては，まず suとsudoについて - Ubuntu Japanese Wiki を読み，Unix における「権限」についてしっかり勉強してください．

質問への直接の解答は，上記文書の グラフィカルなsudo の項目の

グラフィカルなアプリケーションをroot権限で実行する場合、決して通常のsudoを使ってはいけません。

になりますが，

einundzwanzighundertsechs  による投稿:

2. xkeycaps は xmodmap のフロントエンドで，システムの設定変更専用では無いはずです．

と書いたように，
そもそも「root 権限」が必要なのか，さらには，目的の達成に xkeycaps が適当なのか，
疑問を持っています．